Во Алкалоид пред формирањето функционираше силна аматерска шаховска секција (Симеон Јошевски, Перо Георгиев, Стојан Стојанов, Венцислав Илин), па на иницијатива на дел од нив се формира шаховскиот клуб Алкалоид. Поддршка за формирањето добиваат од Управата на фабриката, по што следи и регистрација во ШФМ.

Прв претседател на клубот е Гоце Димитров, прв секретар е Симеон Јошевски. По формирањето, клубот започнува подготовки и настапи во системот на екипни натпревари во тогашна СФРЈ, а постепено се формира и екипата со перспективни млади шахисти од Македонија.

Клубот доживува ренесанса со поставување стратешки цели и исклучителен развој со доаѓањето на Трајче Мукаетов за претседател, кој во 1985 година е назначен за генерален директор на Алкалоид. Поддршката на клубот од страна на Алкалоид АД продолжува со подигнување на целите и вградување на корпоративниот „алкалоидов ген“ и во шаховскиот клуб, а шахот во Македонија почнува да се препознава преку резултатите на Алкалоид и неговите играчи.

До 1991 година клубот се натпреварува во системот шаховски натпревари на тогашна СФРЈ, притоа со брзи чекори остварувајќи го планот да стане еден од водечките клубови во втората лига, така што на последната Втора југословенска лига (пред распадот на СФРЈ постоеја две втори лиги, Исток и Запад) Алкалоид завршува на втората позиција во тогашната Втора лига исток, но за жал (поради распадот на СФРЈ) остана неостварена следната цел – пласман и борба со најдобрите југословенски клубови во тогашната Прва лига (единствена) која важеше за една од најсилните лиги во светот.

Во 1990 година клубот го организира првиот меѓународен затворен (позивен) турнир и во следните пет години го зголемуваше квалитетот, овозможувајќи им шанса на своите играчи можност за освојување рејтинг и титули (балови) за меѓународни титули.

Во периодот од осамостојувањето на Македонија, како шампион на Македонија во екипна конкуренција Алкалоид добива шанса за настап на Европскиот клупски куп, кој до 1999 година се игра со неколку квалификациони (полуфинални) и една финална група.

Со промената на системот на натпревари за добивање екипен шампион на Европа, Европскиот клупски куп од 2000 година се игра како еден турнир на кој настапуваат најдобрите европски екипи. Алкалоид настапува на првите 10 Европски клупски купови (2000 – 2009) година, остварувајќи притоа петпати пласман, т.е. делба меѓу првите 10 тимови.

Во 2007 година спонзорот ги подигнува амбициите на клубот на повисоко ниво, со цел пласман во следниот тригодишен период меѓу првите пет во Европа. И веќе првата година до петтото коло Алкалоид е на водечка позиција со победи во сите мечеви, но не успева во последните три кола. Веќе во 2009 година Алкалоид го постигна својот најдобар пласман на Европскиот клупски куп, делба на петтото место во Европа, иако до шестото коло Алкалоид беше на чело на табелата со победи во сите мечеви – но во последните две кола пропушти голема шанса за повисок пласман.

Клубот веќе станува не само препознатливо име меѓу сите кои го пратат спортот и шахот, туку и европски бренд на европската шаховска мапа, клуб за кој настапуваа покрај домашните најдобри и врвни европски и светски играчи. Алкалоид АД Скопје како познат европски бренд, успеа и во спортот, како спонзор, да го етаблира шаховскиот клуб, промовирајќи ја Македонија на натпреварите (екипни и индивидуални) на кои настапуваа клубот и играчите.

Во 2015 година Алкалоид се враќа на европската сцена, но сега со цел пласман меѓу три најдобро пласирани екипи. За таа цел Алкалоид значајно се засилува ангажирајќи шест странски играчи. Европскиот Клупски Куп се одржува во Скопје и турнирот ШК Алкалоид го завршува на делба на петтото место.

Во 2016 година Алкалоид го постигнува најголемиот успех во 40-годишната клупска историја освојувајќи го првото место на Европскиот Клупски Куп кој се одржа во Нови Сад, Србија. За шампионската екипа на ШК Алкалоид настапија кинеските велемајстори Динг Лирен (од 2023 година Светски шаховски Шампион) и Ју Јангји, руските велемајстори Андреикин Дмитри и Јаковенко Дмитри, украинските Ељанов Павел и Криворучко Јуриј и македонските најсилни шахисти велемајсторот Недев Трајко и интернационалниот мајстор Панчевски Филип. Алкалоид до победничкиот трофеј стигнува со 5 победи и два нерешени мечеви.

Во 2017 година Алкалоид станува вице шампион на Европа, освојувајќи 11 меч бодови, еден меч бод помалку од шампионот. Европскиот Клупски Куп се одржува во Анталија, Турција. Во редовите на ШК Алкалоид настапува истата екипа која го освои златниот медал претходната година.

Во 2018 година Европскиот Клупски Куп се одржува во Порто Карас, Грција. Во конечниот пласман Алкалоид се наоѓа на делба на третото место, шесто според дополнителен критериум.

Во 2019 година Европскиот Клупски Куп се одржува во Улцињ, Црна Гора. ШК Алкалоид турнирот го завршува на четвртото место.

Во 2020 година поради Корона вирусот ЕКК не се организираше, а во 2021 година Европскиот Клупски Куп се одржа во Струга, Македонија. Алкалоид се пласираше на осмото место.

Резултатите на клубот се импозантни, многу шампионски титули како во екипна така и во индивидуална конкуренција, како во сениорски така и во јуниорски категории, како во машка така и во женска конкуренција. Долги години играчите на клубот се носители на македонските репрезентативни селекции (во машка, женска и јуниорска категорија).

Играчите на клубот имаат огромна колекција на титули: неколку индивидуални европски и олимписки медали, победи на меѓународни турнири, многу шампионски државни титули во сите конкуренции (сениорска/јуниорска, машка/женска). Најзначајни успеси на клупско ниво се шампионскиот трофеј на Европскиот Клупски Куп 2016 и сребрениот медал на во Европскиот Клупски Куп 2017 година.

Во периодот 1992 – 2023 година, од осамостојувањето до денес, од 31 одржани Екипни шампионати на Македонија, клубот 25 пат ја освојува шампионската титула, при што оваа доминација е особено нагласена последните 11 години, во кои ш.к. Алкалоид во континуитет е екипен шампион на Македонија.

Екипните Шампионати за жени се организираат од 2020 година, при што ШК Алкалоид во 2021 и во 2023 година ја освојува шампионската титула.